Audit halal kvalitete je sistematsko i nezavisno ispitivanje ili provjera sa ciljem da se utvrdi da li su aktivnosti i rezultati koji se odnose na halal kvalitetu u skladu sa utvrđenim odredbama i zahtjevima Halal standarda BAS 1049:2010, da li su te odredbe prikladne za postizanje postavljenih ciljeva, te da li su one stvarno provedene. Auditi se vrše u skladu sa metodologijama i na način propisan relevantnim međunarodnim standardima, uz uvažavanje specifičnih zahtjeva halala.

Status halal proizvoda provjerava se:

- Internim auditom

- Auditom Agencije

- Labaratorijskim analizama

Interni audit podrazumijeva da određeni broj osoba u certificiranim firmama vrši stalni nadzor nabave, proizvodnje, skladištenja i postupanje s proizvodima. Interni auditori su zaduženi da vrše stalnu kontorolu i provjeru u kompaniji shodno odredbama Halal standarda, te da evidentiraju svaku promjenu u procesu nabave, proizvodnje, skladištenja i postupanja s proizvodima.

Auditom Agencije, vrši se najavljena ili nenajavljena kontorla sistema procesa nabave, proizvodnje, skadištenja i postupanja s proizvodima u kompaniji u skladu sa zahtjevima Halal standrarda. Audit Agencija izvode stručni saradnici Agencije koji provjeravaju poštivanje odredbi Halal standarda.

Laboratorijske analize proizvoda podrazumijevaju validaciju nekog proizvoda ili sistema, u našem slučaju Halal standarda i halal certificiranog proizvoda. Agencija za certificiranje halal kvalitete u suradnji sa nadležnim labaratorijama u BiH uzima uzorke sirovna i gotovih proizvoda i provjerava da li se u njima nalaze sastojci koji nisu halal – dozvoljeni muslimanima za konzumiranje.