Stručno tijelo Agencije je Odbor za standarde kojeg, na prijedlog Upravnog odbora, imenuje Rijaset IZ u BiH na period od 4 godine sa mogućnošću ponovnog imenovanja.
Odbor za standarde broji 7 ili 9 članova.
Članovi Odbora za standarde su istaknuti stručnjaci različitih oblasti koje su u vezi sa djelatnošću Agencije.
Predsjednik Odbora za standarde je ujedno član Upravnog odbora Agencije po funkciji.
Odbor za standarde vrši poslove iz svoje nadležnosti i to:
• predlaže standarde i procedure Agencije i dostavlja ih Upravnom odboru na usvajanje,
• kontrolira i verificira zapisnike o izvršenim kontrolnim pregledima certificiranih proizvoda i ispunjavanju obaveza proizvođača i dostavlja ih Upravnom odboru,
• predlaže pokretanje naučnih projekata i održavanje stručnih i naučnih skupova.
Agencija za certificiranje halal kvalitete je institucija čiji je osnivač i jedini vlasnik Islamska zajednica u Bosni i Hercegovini i po svom ustrojstvu i zakonskoj registraciji je uspostavljena kao islamska institucija. Islamski principi i/li islamska pravila su osnova za utvrđivanje organizacijskih ciljeva i politika Agencije.
