- INTERNI AUDIT - određeni broj osoba u certificiranim firmama vrši stalni nadzor nabave, proizvodnje, skladištenja i postupanja s proizvodima;
- AUDIT AGENCIJE - stručni saradnici Agencije putem najavljenih i nenajavljenih audita provjeravaju da li se poštuju zahtjevi Halal standarda;
- LABARATORIJSKE ANALIZE - u suradnji sa nadležnim labaratorijama Agencija uzima uzorke sirovina i gotovih proizvoda i provjerava da li se u njima nalaze sastojci koji nisu halal.
Agencija za certificiranje halal kvalitete je institucija čiji je osnivač i jedini vlasnik Islamska zajednica u Bosni i Hercegovini i po svom ustrojstvu i zakonskoj registraciji je uspostavljena kao islamska institucija. Islamski principi i/li islamska pravila su osnova za utvrđivanje organizacijskih ciljeva i politika Agencije.